La band nasce a Pisa nel 1994 quando Andrea Appino (chitarra e voce) e Marcello ‘Teschio’ Bruzzi (batteria) decidono di formare un gruppo punk rock. Le prime demo vengono pubblicate nel 1996 e nel 1997, anno in cui appaiono nella compilation Soniche avventure insieme ad altri gruppi emergenti, tra cui i Verdena. Nel 1998 esce il primo album autoprodotto About Thieves, Farmers, Tramps and Policemen, pubblicato con il nome di The Zen, cui segue la creazione dell’etichetta Iceforeveryone Records, con cui la band pubblicherà il secondo album. Agli inizi degli anni 2000 la band cambia nome in The Zen Circus e si fa notare con la vittoria alle selezioni regionali di Arezzo Wave e la partecipazione all’Arezzo Wave On The Rocks.

Nel 2001 esce il secondo album Visited by the Ghost of Blind Willie Lemon Juice Namington IV mentre, nel 2003, il cofondatore Marcello ‘Teschio’ Bruzzi lascia la band, sostituito da Karim Qqru. Nel frattempo gli Zen Circus si affermano nella scena alternative italiana grazie ai tantissimi live e al terzo disco Doctor Seduction, uscito nel 2004. Il 2005 è poi la volta dell’esordio in italiano con il disco Vita e opinioni di Nello Scarpellini, gentiluomo, mentre nel 2006 gli Zen Circus festeggiano il decimo anno della formazione con un mega-concerto al Metarock Club di Pisa.

Durante il Nello Scarpellini Tour condividono il palco con la band americana Violent Fammes, con il bassista Brian Ritchie che produrrà il loro quinto album,  Villa Inferno, uscito nel 2008 e trainato dal singolo Figlio di puttana. Al disco collaborano anche come ospiti Kim e Kelley Deal (Pixies, Breeders), Jerry Harrison (Modern Lovers, Talking Heads), e Giorgio Canali (CSI, Rossofuoco).

Il 2009 è l’anno della svolta con Andate tutti affanculo, primo album degli Zen Circus cantato completamente in Italiano e acclamato dalla critica, che lo elegge uno dei migliori dischi dell’anno. Nello stesso anno la band partecipa al progetto ideato da Manuel Agnelli, Il paese è reale, con il loro brano Gente di merda. Nel 2010 gli Zen Circus vengono premiati al MEI di Faenza Coe “miglior tour” grazie ai 110 concerti per Andate tutti affanculo.

Anticipato dal singolo L’amorale, l’11 ottobre 2011 esce l’album Nati per subire, realizzato in collaborazione con alcuni nomi di punta della scena indipendente italiana, tra cui Enrico Gabrielli, Giorgio Canali (voce e armonica in La democrazia semplicemente non funziona), i Ministri (in L’amorale), Alessandro Fiori (in Franco) e Il Pan del Diavolo (in Ragazzo eroe). Il 21 aprile 2012 esce Metal Arcade Vol. 1, il primo di quattro EP punk.

Il 21 gennaio 2014 gli Zen Circus pubblicano Canzoni contro la natura, album che nella prima settimana dall’uscita raggiunge la prima posizione nella classifica di iTunes ed il 9º posto nella classifica ufficiale di vendite FIMI/Gfk, stazionando poi nella top 100 per altre 4 settimane. Numeri confermati dal successivo lavoro in studio,  La terza guerra mondiale, pubblicato da La Tempesta Dischi il 23 settembre 2016 e schizzato in testa alle classifiche di vendita. L’ultimo disco, Il fuoco in una stanza, è uscito il 2 marzo 2018 mentre il 20 dicembre dello stesso anno viene annunciata la partecipazione della band al Festival di Sanremo 2019 con il brano L’amore è una dittatura. L’8 febbraio esce Vivi si muore – 1999-2019, la raccolta degli che celebra vent’anni di storia del gruppo.